Logiciels SerialEM, TomoJ, IMOD, Chimera, TEMography™, Shot Meister et JADAS

SerialEM combine des fonctionnalités performantes permettant l'acquisition, l'enregistrement et l'alignement automatisés de tomographies mono- ou biaxiales grâce à un algorithme de prédiction unique et robuste.
Ce logiciel utilise un système de montage d’image qui peut également être utilisé pour reconstruire entièrement la grille de l’échantillon en MET.

Un système très stable et flexible permet de contrôler la dose d’électrons reçu par l’échantillon tout au long de l’acquisition (MDS : Minimum Dose System) en conjonction avec un filtre en énergie dans la colonne (Omega Filter) ou un filtre post colonne.

SerialEM est aussi utilisé pour la collecte de données en particules isolées.

Des scripts peuvent être créés, permettent d’effectuer des tâches répétitives et chronophages sans contrôle permanent de l’opérateur.

Son objectif principal est d'automatiser le criblage des échantillons, de documenter le processus et de fournir un portail pour la visualisation et l'interaction avec le microscope. Le logiciel intègre une base de données, le flux de travail d'imagerie principal et une interface utilisateur web pour un accès simplifié.

Son but est de reconstruire un volume 3D à partir d'une acquisition série d'images inclinées.
 Il fournit une méthode d'alignement automatique ou manuel des séries tomographiques, axe de tilt, et reconstruction 3D selon différentes méthodes : WBP, ART, SIRT. Le tout à travers une interface très intuitive.

Au travers d’une interface de type Java, IMOD propose une aide conviviale pour les séries de tilts (d’angles) en simple et/ou double axes d’inclinaisons aussi bien que les opérations importantes de filtrage des données alignées et reconstruites. IMOD peut aussi s’adapter aux stations de travail simples ou multi processeurs.

Ce programme interactif peut être utilisé pour visualiser de nombreux types de données, y compris les structures atomiques et moléculaires ainsi que les cartographies de densité comme les reconstructions 3D.

Avec l’automatisation des acquisitions tomographiques en une région de la grille ou bien plusieurs ; TEMography permet l’automatisation de la collecte des données.

Les caractéristiques des logiciels de TEMography comportent :

• Inclinaison automatique de l’échantillon et acquisition des images MET ou STEM,
• Reconstruction 3D automatique,
• Visualisation et Reconstruction de Haute précision.

Un PC séparé est fourni pour le traitement des données et la reconstruction 3D ainsi que la visualisation. Le logiciel est sur une application Windows avec une interface utilisateur graphique très simple d’utilisation. Les traitements post-acquisition de fichiers TIFF peuvent être obtenus à l’aide de logiciels tiers. Du fait du design modulaire du logiciel, les applications dans le domaine de la pathologie, du semi-conducteur ou de la biologie sont possibles.

Le logiciel Shot Meister se décline en deux versions TEM et STEM.
Ce logiciel intègre différentes fonctions améliorant l’acquisition d’images (correction de dérive, Minimum Dose System…) pouvant être utilisées en imagerie classique ou en tomographie, ainsi que la possibilité de contrôler l’acquisition de la technologie Phase Plate.

Shot Meister est composés de trois modules :

ADS : Anti-Drift System

• Mesure automatiquement les vecteurs de dérive et contrôle du TEM pour annuler le déplacement de l’échantillon.
• Acquisition d’images avec un temps faible et recomposition d’une image globale. L’utilisation de faible temps de pose permet d’acquérir des images sans dérive mais avec un faible contraste. Leur recomposition (addition + correction de position entre chaque image) permet d’obtenir une image précise et de haut contraste.

UDC : Ultimate Dose System

• Cette technique a été développée pour l’étude des échantillons sensibles au faisceau.
• Shot Meister fourni une solution complète en permettant d’automatiser les séquences d’acquisition par le contrôle du TEM, des caméras, du mode free lens control. Il est ainsi possible de contrôler plusieurs caméras pour chaque mode d’acquisition, de corriger le déplacement de l’échantillon après chaque acquisition (goniomètre et déflectrices) et de définir plus de dix modes dans un cycle d’acquisition.
• Shot Meister permet l’acquisition des images sur les caméras du TEM aussi bien que sur les plans film.

LLP : Wide-field imaging using LimitLess Panorama (LLP)

• Acquisition d’un montage sans limite de taille. L’acquisition ne fait plus seulement par l’intermédiaire de déflectrices mais utilise aussi le déplacement du goniomètre du TEM.

En utilisant JADAS, les chercheurs peuvent personnaliser les paramètres d’acquisition sur les complexes macromoléculaires congelés dans la glace, sous conditions de faibles doses d’électrons. Le logiciel acquiert de grandes quantités de données hautes qualités sans intervention de l’utilisateur. La platine goniométrique déplace l’échantillon séquentiellement jusqu’à créer une carte complète de la grille. De plus, le logiciel fait une évaluation automatique de l’épaisseur de la glace, de la défocalisation et de la dérive (entre autres paramètres) avant d’acquérir les données en haute résolution.