Ensemble de techniques d’acquisition automatisées et de traitement d’images MET d’une particule (généralement homogène), permettant de reconstruire sa structure tridimensionnelle.
La SPA peut-être réalisée en MET température ambiante (en coloration négative) ou en Cryo MET à partir d’échantillons congelés/vitrifiés par « Grid Plunging » (proche de l’état natif).
Cette technique, utilisée principalement pour déterminer la structure de virus ou de protéines, permet d’obtenir des reconstructions d’une résolution sub-nanométrique, proche de la résolution atomique.
Principales étapes de la SPA Cryo
1°) Congélation après blotting de l’échantillon généralement purifié :
Transfert de l’échantillon dans le Cryo-MET
L’échantillon congelé est contenu dans un fine couche de glace vitreuse.
2°) Imagerie 2D :
JEOL cryoARM200
Les molécules, orientées de manière aléatoire dans la glace vitrifiée, génèrent des images 2D correspondant à toutes les orientations possibles de la particule.
Les grandes étapes de l’acquisition :
- Acquisition en Low dose en automatique.
- Correction des mouvements et alignement des frames.
- Estimer la CTF pour corriger les aberrations optiques et la défocalisation.
- Repérer et extraire automatiquement les particules dans les micrographes.
- Création de classes de particules représentatives en 2D.
3°) Reconstruction 3D :
Ces différentes projections peuvent ensuite être exploitées par traitement informatique pour reconstituer sa structure tridimensionnelle.
Les grandes étapes du traitement des données :
- Création d’un premier modèle 3D à partir des meilleures classes et des orientations des particules.
- Post traitement des résultats.
- Validation de la structure finale et, si possible, construction d’un modèle atomique.
Exemple avec l’Apoferritine :
Structure de l’Apoferritine résolution 1,19 Å
